L'Assemblea dei soci si riunisce almeno una volta l'anno per deliberare sulla programmazione e il bilancio consuntivo. Ogni tre anni elegge il Direttore e Legale Rappresentante, gli altri membri del Consiglio Direttivo e i Revisori dei Conti.

Il Consiglio Direttivo supervisiona l'operato delle strutture operative, nomina i relativi responsabili e assume varie decisioni di rilevanza generale.

Il personale della Sede di Roma è articolato in quattro strutture operative principali: Programmi, Politica Culturale e Formazione Interna, Innovazione e Risorse e Ufficio Amministrativo. I loro Responsabili e il Direttore compongono l'Esecutivo, che garantisce il coordinamento generale delle attività.

Per assicurare livelli elevati di qualità operativa e coordinamento interistituzionale, nei paesi in cui opera più intensamente, il CISP costituisce un ufficio locale gestito da un Rappresentante Paese. Il CISP si avvale inoltre di sedi regionali, in Italia, che hanno la funzione di consolidare il rapporto con il territorio e le istituzioni locali.